科研进展
南海所完成首次紫海胆全基因组测序和组装


近日,买球app南海水产研究所创新团队成功完成了紫海胆的全基因组测序,首次构建了紫海胆的染色体基因组图谱。相关研究成果发表在《Nature》子刊《Scientific data(《科学数据》)上(联合培养硕士研究生张佳和郭禹博士为论文并列第一作者,秦传新博士为通讯作者)。

紫海胆是一种亚热带重要的海洋高值经济棘皮动物,分布于我国东南部沿海,国外仅分布于日本南部沿海,受栖息地衰退、过度捕捞、气候变化等因素影响,紫海胆自然资源日渐衰退,揭示紫海胆基因组信息可以推动紫海胆人工繁育技术的进步,促进紫海胆增养殖产业的发展。该论文采用Illumina二代、PacBio三代结合Hi-C测序技术,首次构建了紫海胆的染色体基因组图谱,紫海胆基因组大小为891.02Mbcontig N50scaffold N50长度分别为0.81Mb37.61Mb。紫海胆约99.52%的基因组序列锚定到21条染色体上,共注释到28966个蛋白质编码基因,94.58%的基因可以注释到NRGOKEGG等数据库中;对非编码RNA注释,共预测得到8,855tRNA602rRNA86miRNA;对假基因注释,得到183个假基因。该研究可为紫海胆分子标记开发、基因定位与挖掘、全基因组水平的分子辅助育种等奠定重要的基础。

该研究工作得到了国家自然科学基金(32160863)、买球app南海水产研究所所级基本科研业务费(2023XK01)、三亚崖洲湾科技城项目(SKJC-2022-PTDX-014)的支持。

全文链接:http://doi.org/10.1038/s41597-024-03733-y


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